La zona oriental es un ubicado en los flancos orientales de los Andes. Aquí el visitante encuentra una rica biodiversidad de plantas y animales entre los bosques retorcidos de la parte superior de la Amazonia. Esta zona es muy inaccesible, y se suele recorrer sólo a pie. El gran número de ríos, que desembocan fuera los Andes, también hace que esta área sea difícil de cruzar.
Los Llanganates conservan importantes especies de plantas nativas. Entre ellas se encuentran el pumamaqui, arrayán, espadaña, yagual, palma de ramos, licopodio (representante de la familia de las licopodiáceas, son helechos y, concretamente, el licopodio se caracteriza por poseer los tallos bastante largos, pueden llegar a medir hasta un metro de largo), gencianas, achupalla, pajonales, cedro, chuncho, ceibo, garango, caoba, chontaduro, tagua, olivo, orquídeas, bromelias, anturios, frailejón y heliconias (es un género que agrupa más de 100 especies de plantas tropicales, originarias de Suramérica, Centroamérica, las islas del Pacífico e Indonesia. Se les llama platanillo por sus hojas o ave del paraíso y muela de langosta por las coloridas brácteas que envuelven sus flores).