Las selvas zamoranas son cuna de la nacionalidad indígena shuar. Tuvo distintos períodos migratorios provenientes como los bracamoros. La colonización española se dio con en el primer contacto de los indígenas con los españoles, en la cuenca del río Mayo-Chinchipe, en una de las expediciones de Gonzalo Pizarro; durante ese período la entidad máxima y precursora de la provincia sería el Gobierno de Yaguarzongo. Después de la guerra independentista y la anexión de Ecuador a la Gran Colombia, se crea la Provincia de Loja el 25 de junio de 1824, en la que dentro de sus límites se encontraba el actual territorio zamorano. El 10 de noviembre de 1953 se crea la décima sexta provincia del país, la Provincia de Zamora Chinchipe, cuando se desmembró de la Provincia de Santiago Zamora.